图1灵长类家族中的五个成员从左到右：长臂猿，人类，黑猩猩，大猩猩，红毛猩猩。

上图为灵长类家族中的五个成员，人类和猿类的骨骼有着类似的解剖学结构，这一点在几个世纪前就确认了。但是科学家们采用分子生物钟方法来研究灵长类动物的DNA时钟时，他们发现最大的差异出现在猴类这个分支与猩猩、人类另一个分支之间，如图2所示。

分子钟显示猴类同人类、猿类之间有着7%的DNA结构差异。分子钟还表明长臂猿是最疏远的猿类亲戚，它们同其他猿类、人类之间有着5%的DNA结构差异。红毛猩猩则和大猩猩、黑猩猩、人类之间有着3.6%的差异。这些发现表明长臂猿和红毛猩猩在很久以前就同猿类家族中的其他成员发生了分化。今天，长臂猿和红毛猩猩只在东南亚有出现。相反，大猩猩和黑猩猩只在非洲有发现，而那里正是最早期的人类的家园。

在猿类中，最亲近的两个物种是两类黑猩猩，即普通的黑猩猩和波诺波猿，它们的DNA有99.3%是相同的。我们的DNA与大猩猩之间有着大约2.3%的差异，与两种黑猩猩之间都有着大约1.6%的差异。这也就是说我们的DNA与黑猩猩这一我们最亲近的现存亲戚之间有着98.4%的共同之处。换个角度说，黑猩猩最亲近的亲戚并不是大猩猩，而是人类。

图2左侧的数字代表这些现代灵长类动物在DNA上的基因差异比例，右侧的数字则对它们最近的共同祖先的生存时间以百万年为单位进行了估计。

在图2中可见，普通黑猩猩和倭黑猩猩之间有着大约0.7%的基因差异，并且是在大约万年前开始分化的；我们与任意一种黑猩猩有着1.6%的基因差异，并且是在大约万年前和它们的共同祖先产生了分化；大猩猩们的DNA和我们或者黑猩猩都有着大约2.3%的差异，大概是在万年前同我们和两种黑猩猩的共同祖先发生了分化。人类祖先同黑猩猩分开演化大概是在万年前，换句话说，人类在自己的道路上进行演化的历程已经有万年了。我们同黑猩猩之间的基因距离要比两种长臂猿之间的差异（2.2%）还要小。

我们和黑猩猩之间的基因差异要比任何两个人类族群或任何两个狗类族群之间的差异大得多。但相比其他相邻的物种组对而言，我们和黑猩猩之间的差异是微小的。这意味着黑猩猩的基因上只出现了一个微小的改变就导致了人类行为上的巨大差异。按照基因距离的理论观点，人类、普通黑猩猩和波诺波猿应该划归到同一个属。从这个角度看，人类是黑猩猩物种下的第三个分支。